美国重返亚太战略的确立与推进，已深入影响南海争端，为中国的南海主权与海洋权益带来新的挑战。不论是南海相关声索方式还是域外势力（美国加上日本、澳大利亚与印度），总体上是一个不利中国南海海洋权益维护的阵营。海峡两岸在南海问题上的合作就显得尤为重要。特别是海峡两岸对中国南海“历史性水域”的历史事实与法律上的认定（U型断续线），为海峡两岸南海合作、共同维护南海主权与海洋权益创造了条件。在当前海峡两岸海洋合作或南海合作讨论热潮中，就海峡两岸南海合作的原则、策略、方式与步骤，提出几点概况性的设想。

海峡两岸南海合作必须有两个战略服从：一是必须服从国家的大战略与对外战略；二是必须服从中央对台政策与两岸关系和平发展战略。在样的战略认知下，两岸南海合作总的指导原则应包括如下五点：一是共同维持中华民族南海海洋权益的“共识原则”（坚持中华民族南海的“历史性水域”与U型断续线的法理原则）。二是南海海洋权益的“利益共享原则”，即两岸共共同享有包括南海主权的政治利益与南海海洋权益的经济利益。三是两岸共同提出与认同的在“主权属我”的前提下的“搁置争议、共同开发”的“开放合作原则”，即这一原则不只适用海峡两岸，而且适用于南海相关声索方。四是坚持国际法的法治原则，均认同在认同“历史性水域”法理基础上以1982年联合国公布的《联合国海洋国际公约》作为处理南海主权、专属经济区等认定的法理依据。五是循序渐进、由低到高、由易到难的稳步“推进原则”。总体上讲，就是要遵守“搁置争议，共同开发；相互支持，循序渐进；权益共有，利益共享”的原则。

海峡两岸南海合作的策略与方式，需要从实际出发，灵活处理。有四种方式与策略可供选择与推进。一是最佳方式：两岸有共同意愿，展开南海战略合作，主要是共同维持中国南海海洋权益，共同维护中华民族的利益。由于两岸政治对立，政治互信不足，在可预见的将来，这种合作的可行性不高。二是较佳方式：两岸单方面继续坚持南海U型线或段续线（“九段线”与“十一段线”的历史与国际法依据，通过“默契”方式，间接维护中华民族南海海洋权益，准许民间有限的“次战略性”合作。三是次佳方式：两岸在南海问题上没有战略性合作，但可以有官方允许的局部性、技术性合作，如海洋资源保护与合作开发、气象环境合作、南海合作救助、渔业合作等。四是最次方式：即两岸民间最底层次的简单合作，如在南海问题上的学术研究合作、共同维持南海权益的两岸学者的国际舆论合作、民间自行的有限的渔业等合作。

两岸南海合作虽然有必要性与可行性，也面临困难与挑战。但由于海峡两岸南海合作的意义重大，对海峡两岸都非常重要，因此海峡两岸还是尽最大的努力，全力推动，争取最大的可能。为推进两南海合作，可遵循以下步骤：第一阶段：可以说是初期阶段。具体做法包括：一是舆论先行。两岸学者、媒体等不断制造两岸南海合作的社会舆论，宣传两岸合作的好处与意义，形成一股社会力量与压力。二是研究先行。海峡两岸要进行南海合作，需要进行多种研究（包括可行性研究）与理论探讨，创造条件。有关两岸海洋合作包括南海合作的研究越来越多，论文越来越多，成果越来越多，研讨会越来越多。而且两岸研究机构已进行有限的合作研究。这将为未来两岸南海合作创造良好的理论基础。三是交流先行。两岸就南海合作问题不仅要进行研究与讨论，还需要双方的广泛开展交流活动，相互了解对方的主张与立场，建立信任，寻求共识。四是民间先行。现阶段两岸官方进行南海合作可能性不大，但民间有意愿，可率先启动与进行。民间先行可以是民间研究机构、民间企业的接触与合作。

第二阶段是有效推进与实质合作阶段，主要是两岸南海合作的机制建立，包括：将两岸南海合作纳入两岸协商机制，展开讨论、协商，寻求合作；签署两岸南海合作框架协议；在两会框架下建立两岸南海合作委员会与专业委员会；设立两岸南海合作研究基础与开发基金。第三阶段，是在条件成熟或政治关系改善后，可推进海峡两岸南海战略性合作，即共同维护中国（中华民族）的南海主权与南海海洋权益。

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